Die Europäische Kommission ist die "Regierung" der Europäischen Union, die die Verträge umsetzt. Die Kommission ist ein vollständig von den Mitgliedstaaten unabhängiges und somit tatsächlich supranationales Organ der Europäischen Union. Die Kommissare (einer pro Mitgliedstaat) dienen - zumindest dem Wortlaut der Verträge nach - alleine der Union als Ganzes, nicht ihren jeweiligen Herkunftsstaaten. Die Kommission besitzt das Initiativrecht und ist u.a. für die Ausführung der europäischen Gesetze und des Haushalts zuständig.
Der Europäische Verfassungsvertrag sieht folgende Neuerung vor : Künftig sollen nur noch Zweidrittel der Staaten Kommissare stellen. Die Verkleinerung soll insgesamt der Effizienz und der Handlungsfähigkeit der Kommission dienen. Die Kommissare werden „in einem System der gleichberechtigten Rotation“ zwischen den EU-Staaten ausgewählt.
Die gegenwärtige Kommission unter Präsident José Manuel Durão Barroso ist, mit Zustimmung des Europaparlaments, seit dem 22. November 2004 für fünf Jahre im Amt.